瑞克·卡特率領(lǐng)的遠(yuǎn)征軍在宇宙深處取得節(jié)節(jié)勝利，并和反抗因維人的外星人結(jié)成“哨兵同盟”。但就在2031年，地球為瑞吉斯所率領(lǐng)的因維人占領(lǐng)。2044年，遠(yuǎn)征軍調(diào)轉(zhuǎn)方向，開始朝著人類古老的家園——地球挺進(jìn)。借助哨兵同盟成員海頓星人幫助，愛德華茲將軍將艦隊全部配備暗影技術(shù)，它可使艦隊不被因維人的探查設(shè)備所發(fā)現(xiàn)。此外，遠(yuǎn)征軍還依靠海頓星人開發(fā)出更為強勁的中子S導(dǎo)彈。為了將因維人趕出地球，不惜犧牲半個星球為代價。
　　在此期間，SDF-3神秘失蹤，瑞克也發(fā)現(xiàn)中子S導(dǎo)彈的奇怪之處。他告誡遠(yuǎn)征軍不要使用這個致命的武器。但遠(yuǎn)征軍已向因維人發(fā)起最后的攻擊……